Bei den bislang betrachteten Mikroskopen wird ein dünnes Präparat auf einen Objektträger gebracht und dann in der Regel mit einem Deckglas bedeckt. Hierzu muss man das zu untersuchende Objekt normalerweise aus seiner ursprünglichen Umgebung entfernen um es auf den Objektträger auftzbringen. Häufig möchte man jedoch Objekte direkt in ihrer ursprünglichen Umgebung untersuchen (typischerweise Zellen in einem bestimmten Kulturgefäß). Für diese Zwecke wurden Mikroskope in "umgekehrter" Bauweise entwickelt. Die folgende Darstellung zeigt ein derartiges "Inversmikroskop". Man erkennt sofort, woher die Namensgebung für diese Mikroskope stammt:

Das Präparat wird von oben beleuchtet und von unten durch das jeweilige Objektiv betrachtet. Diese Anordnung ist genau umgekehrt wie bei den bisher behandelten Mikroskopen, die zur Abgrenzung auch als "aufrechte" Mikroskope bezeichet werden.

	Mikroskop in umgekehrter ("inverser") Bauweise

Bei inversen Mikroskopen blickt man durch den Boden eines Kulturgefäßes von unten auf das Präparat. Dieser Gefäßboden wirkt nun optisch als - in der Regel besonders dickes - Deckglas. Wir haben bereits gesehen, dass das Deckglas ab einer bestimmten numerischen Apertur in die Berechnung eines Mikroskopobjektivs einbezogen werden muss. Um hierbei von reproduzierbaren Bedingungen auszugehen wird die Deckglasdicke auf 0.17mm genormt. Die Böden der Kulturgefäße sind dagegen in der Regel wesentlich dicker und unterliegen hierbei noch deutlichen Schwankungen. Deshalb werden für inverse Mikroskope spezielle Objektive angeboten, die über eine Korrekturmöglichkeit der Deckglasdicke verfügen. Diese Korrektur ermöglicht die Anpassung des Objektivs in einem weiten Bereich (z.B. Deckglasdicken von 0 bis 2mm).

Inverse Mikroskope haben in den letzten Jahren erheblich an Bedeutung gewonnen.